45  Interações de diretório

Nesta página, cobrimos cenários comuns onde você cria, interage, salva e importa com diretórios (pastas).

45.1 Preparação

Pacote fs

O fs é um pacote do tidyverse que facilita as interações de diretório, melhorando algumas das funções do R base. Nas seções a seguir, usaremos frequentemente as funções do fs.

pacman::p_load(
  fs,             # Interações de arquivo / diretório
  rio,            # Importar / Exportar
  here,           # Caminhos de arquivo respectivos
  tidyverse)      # Gerenciamento e visualização de dados

Imprimir diretório como uma árvore de dendrograma

Use a função dir_tree() do fs.

Forneça o caminho da pasta do arquivo para path =. Use recurse = FALSE para mostrar apenas um nível, ou recurse = TRUE para mostrar todos os arquivos em todos os subníveis. Abaixo, usamos here() como uma abreviação para o projeto R e especificamos sua subpasta “data” (dados), que contém os dados de exemplo deste manual. Nós o configuramos para exibir todos os arquivos na pasta supra citada e suas subpastas.

fs::dir_tree(path = here("data"), recurse = TRUE)
data
├── case_linelists
│   └── linelist_cleaned.rds
├── example
│   ├── Central Hospital.csv
│   ├── Military Hospital.csv
│   ├── Missing.csv
│   ├── Other.csv
│   ├── Port Hospital.csv
│   ├── St. Mark's Maternity Hospital (SMMH).csv
│   ├── district_weekly_count_data.xlsx
│   ├── fluH7N9_China_2013.csv
│   ├── hospital_linelists.xlsx
│   └── linelists
│       ├── 20201007linelist.csv
│       ├── case_linelist20201006.csv
│       ├── case_linelist_2020-10-02.csv
│       ├── case_linelist_2020-10-03.csv
│       ├── case_linelist_2020-10-04.csv
│       ├── case_linelist_2020-10-05.csv
│       └── case_linelist_2020-10-08.xlsx
├── flexdashboard
│   ├── outbreak_dashboard.Rmd
│   ├── outbreak_dashboard.html
│   └── outbreak_dashboard_test.html
└── malaria_app
    ├── app.R
    ├── data
    │   └── facility_count_data.rds
    ├── funcs
    │   └── plot_epicurve.R
    ├── global.R
    ├── malaria_app.Rproj
    ├── server.R
    └── ui.R

45.2 Listar arquivos em um diretório

Para listar apenas os nomes dos arquivos em um diretório, você pode usar dir() do R base. Por exemplo, este comando lista os nomes dos arquivos na subpasta “linelists” da pasta “example” em um projeto R. O caminho de arquivo respectivo é fornecido usando here() (sobre o qual você pode ler mais na página Importar e exportar).

# Nomes de arquivos
dir(here("data", "example", "linelists"))
[1] "20201007linelist.csv"          "case_linelist_2020-10-02.csv" 
[3] "case_linelist_2020-10-03.csv"  "case_linelist_2020-10-04.csv" 
[5] "case_linelist_2020-10-05.csv"  "case_linelist_2020-10-08.xlsx"
[7] "case_linelist20201006.csv"

Para listar os caminhos completos dos arquivos do diretório, você pode usar dir_ls() de fs. Uma alternativa é list.files() do R base .

# Caminhos de arquivos
dir_ls(here("data", "example", "linelists"))
data/example/linelists/20201007linelist.csv
data/example/linelists/case_linelist20201006.csv
data/example/linelists/case_linelist_2020-10-02.csv
data/example/linelists/case_linelist_2020-10-03.csv
data/example/linelists/case_linelist_2020-10-04.csv
data/example/linelists/case_linelist_2020-10-05.csv
data/example/linelists/case_linelist_2020-10-08.xlsx

Para obter todas as informações de metadados sobre cada arquivo em um diretório (por exemplo, caminho, data de modificação, etc.), você pode usar dir_info() de fs.

Isso pode ser particularmente útil se você deseja extrair a hora da última modificação do arquivo, por exemplo, se deseja importar a versão mais recente. Para obter um exemplo disso, consulte a página Importar e exportar.

# Informações do arquivo
dir_info(here("data", "example", "linelists"))

Aqui está o dataframe que retorna. Role para a direita para ver todas as colunas.

45.3 Informações do arquivo

Para extrair informações de metadados sobre um arquivo específico, você pode usar file_info() de fs (ou file.info() do R base).

file_info(here("data", "case_linelists", "linelist_cleaned.rds"))

Aqui usamos o $ para indexar o resultado e retornar apenas o valor modification_time.

file_info(here("data", "case_linelists", "linelist_cleaned.rds"))$modification_time
[1] "2026-10-06 07:27:10 UTC"

45.4 Verifique se existe

Objetos R

Você pode usar exists() do R base para verificar se um objeto existe dentro do R (forneça o nome do objeto entre aspas).

exists("linelist")
[1] FALSE

Observe que alguns pacotes do R base usam nomes de objetos genéricos como “data” (que significa “dados” em inglês) nos bastidores, que aparecerão como TRUE a menos que inherit = FALSE seja especificado. Este é um dos motivos para não nomear o conjunto de dados como “data”.

exists("data")
[1] TRUE
exists("data", inherit = FALSE)
[1] FALSE

Se você está escrevendo uma função, deve usar missing() do R base para verificar se um argumento está presente ou não, ao invés de exists().

Diretórios

Para verificar se existe um diretório, forneça o caminho do arquivo (e nome do arquivo) para is_dir() de fs. Role para a direita para ver que retorna TRUE.

is_dir(here("data"))
data 
TRUE

Uma alternativa é file.exists() do R base.

Arquivos

Para verificar se um arquivo específico existe, use is_file() de fs. Role para a direita para ver que retorna TRUE.

is_file(here("data", "case_linelists", "linelist_cleaned.rds"))
data/case_linelists/linelist_cleaned.rds 
                                    TRUE

Uma alternativa no R base é file.exists().

45.5 Criar

Diretórios

Para criar um novo diretório (pasta), você pode usar dir_create() de fs. Se o diretório já existir, ele não será criado novamente e não será retornado nenhum erro.

dir_create(here("data", "test"))

Uma alternativa é dir.create() do R base, que mostrará um erro se o diretório já existir. Em contraste, dir_create() neste cenário será silencioso.

Arquivos

Você pode criar um arquivo (vazio) com file_create() de fs. Se o arquivo já existir, ele não será criado novamente ou alterado.

file_create(here("data", "test.rds"))

file.create() é uma alternativa no R base. Mas se o arquivo já existe, esta opção irá truncá-lo. Se você usar file_create() o arquivo não será alterado.

Criar se não existir

EM CONSTRUÇÃO

45.6 Deletar

Objetos R

Use rm() do R base para remover um objeto R.

Diretórios

Use dir_delete() de fs.

Arquivos

Você pode excluir arquivos com file_delete() de fs.

45.7 Executando outros arquivos

source()

Para executar um script R a partir de outro script R, você pode usar o comando source() (do R base).

source(here("scripts", "cleaning_scripts", "clean_testing_data.R"))

Isso é equivalente a visualizar o script R acima e clicar no botão “Source” (Fonte) no canto superior direito do script. Isso executará o script, mas silenciosamente (sem saída para o console do R), a menos que seja especificada esta intenção. Veja a página [Console interativo] para exemplos de uso da source() para interagir com um usuário através do console R no modo pergunta e resposta.

render()

render() é uma variação de source() mais frequentemente usada para scripts R markdown. Você fornece o input = que é o arquivo Rmarkdown (.Rmd), e também o output_format = (normalmente “html_document”, “pdf_document”, “word_document”, ““)

Consulte a página Relatórios com R Markdown para obter mais detalhes. Veja também a documentação para render() aqui ou inserindo ?render.

Executar arquivos em um diretório

Você pode criar um for loop e usá-lo em source() para todos os arquivos em um diretório, identificado com dir(). with dir().

for(script in dir(here("scripts"), pattern = ".R$")) {   # Para cada nome de script na pasta "scripts" do Projeto R (com extensão .R)
  source(here("scripts", script))                        # Fonte dos arquivos com nomes correspondentes aos encontrados na pasta de scripts
}

Se você deseja apenas executar determinados scripts, pode identificá-los pelos nomes da seguinte forma:

scripts_to_run <- c(
     "epicurves.R",
     "demographic_tables.R",
     "survival_curves.R"
)

for(script in scripts_to_run) {
  source(here("scripts", script))
}

Aqui está uma comparação das funções de fs e R base.

Importar arquivos em um diretório

Consulte a página Importar e exportar para importar e exportar arquivos individuais.

Consulte também a página Importar e exportar para métodos que importem automaticamente o arquivo mais recente, com base em uma data no nome do arquivo ou nos metadados do arquivo.

Veja na página Iteração, loops e listas um exemplo com o pacote purrr demonstrando:

  • Dividir um dataframe e salvá-lo como vários arquivos CSV
  • Dividir um dataframe e salvar cada parte em uma planilha separada dentro de uma pasta de trabalho do Excel
  • Importar vários arquivos CSV e combiná-los em um dataframe
  • Importar uma pasta de trabalho do Excel com várias planilhas e combiná-las em um único dataframe

45.8 R base

Veja abaixo as funções list.files() e dir(), que realizam a mesma operação de listar arquivos dentro de um diretório especificado. Você pode especificar ignore.case = ou um padrão específico para procurar.

list.files(path = here("data"))

list.files(path = here("data", "example"), pattern = "\\.csv$")
# dir(path = here("data", "example"), pattern = "\\.csv$")

list.files(path = here("data", "example"), pattern = "hospital", ignore.case = TRUE)

Se um arquivo estiver “aberto” no momento, ele será exibido em sua pasta com um til na frente, como “~$hospital_linelists.xlsx”.

45.9 Recursos

https://cran.r-project.org/web/packages/fs/vignettes/function-comparisons.html