1  Önyazı ve teknik notlar

Bu sayfada, el kitabının hazırlanması sırasında belirlediğimiz felsefi yaklaşıma, stile ve belirli editoryal kararlara değineceğiz.

1.1 Uygulamalı epidemiyoloji ve halk sağlığı için R

Hedef: Yaygın epidemiyolojik sorunlara çözümler üreten, pratik, hedef odaklı ve hızlı bir (çevrimiçi ve çevrimdışı) referans kılavuz olarak rol oynamak.

Kitabı nasıl kullanabilirim?

  • İçindekiler bölümündeki sayfalara göz atabilir veya arama kutusunu kullanabilirsiniz
  • Kodu kopyalamak için “kopyala” simgelerine tıklayabilirsiniz
  • örnek verileri kullanarak kendiniz de deneyebilirsiniz

Çevrimdışı versiyonu

El Kitabı ve verileri indirme sayfasında çevrimdışı versiyonuna nasıl ulaşacağınızı görebilirsiniz.

1.2 Yaklaşım ve stil

Bu kitabın potansiyel hedef kitlesinin geniş olmasını istedik. Hem R’a yeni olan kişiler tarafından hem de “R’ın iyi uygulamalarını” ve “R’ın ipuçlarını” öğrenmek isteyen deneyimli kullanıcıların bu kitaptan faydalanabilmesini istedik. Kitap hem kolayca erişilebilir hem de az ve öz olmalıydı. Bu nedenle yaklaşımımızı, R’de çok yeni olan birinin kodu uygulayabileceği ve kodun ne yaptığını takip edebileceği yeterli metin açıklamasını sağlamak olarak belirledik.

Bir kaç nokta daha:

  • Nispeten kısa örneklerin eşlik ettiği bir kod referans kitabı olarak tasarlanmıştır - R , veri bilimi üzerine kapsamlı bir ders kitabı değildir.
  • Uygulamalı epidemiyolojide kullanmanız için R el kitabı olarak kapsamı sınırlandırılmıştır - uygulamalı epidemiyoloji yöntemleri veya bilimi hakkında bir kılavuz değil.
  • Bu el kitabının yaşayan bir belge olması amaçlanmıştır - belirli görevler için hazırlanan R paketleri sıklıkla güncellenir ve değişir. Bu kitapta hangilerine yer vermemiz gerektiğine dair öneri ve eleştirilerinizi memnuniyetle öğrenmek isteriz.

R paketleri

Çok fazla seçenek

R öğrenmenin en zorlu yönlerinden biri de hangi R paketinin kullanılacağını bilmektir. Bir işi çözmeye çalışırken “Hey, bunların hepsini tek bir komut satırında yapan bir R paketi var!” demeniz nadir bir durum olmayacaktır.

Bu el kitabında, her görevi tamamlamanız için size en az iki yol sunmaya çalıştık: ilki denenmiş ve doğrulanmış bir yöntem (muhtemelen base R veya tidyverse içinde) ve ikincisi o iş için özel olarak tasarlanmış bir R paketi. Belirli bir pakette sorun yaşamanız halinde birden fazla seçeneğe sahip olmanızı istiyoruz.

Paketleri belirlerken, R topluluğu tarafından test edilmiş ve onaylanmış paketlere ve yaklaşımlara öncelik verdik. Rutin bir çalışma oturumunda işinize yarayacak, stabil (çok sık değişmeyen) ve görevi basit ve temiz bir şekilde yerine getirebilecek minimal sayıda paket kullandık.

Bu el kitabı tidyverse’de bulunan R paket ve işlevlerine öncelik verir. Tidyverse, temel dilbilgisi ve veri yapılarını paylaşan veri bilimi için tasarlanmış bir R paketi koleksiyonudur. Tüm tidyverse paketleri, tidyverse paketi aracılığıyla kurulabilir veya yüklenebilir. Tidyverse’n web sitesinde daha fazlasını okuyabilirsiniz.

Uygun yerlerde, kurulum sırasında R ile birlikte yüklenen base paket ve fonksiyonlarıyla ilişkili kod seçeneklerini de ekledik. Bunu, bu kitabın okuyucularından bazılarının ekstra paketleri indirmek için güvenilir bir internete sahip ol(a)mama ihtimaline karşılık yaptık.

Fonksiyonları paketlerle ilişkilendirme

R eğitim ve rehberlerinde bir fonksiyona ilişkin kodun anlatılıp, kullanılan paketin hiç değinilmemesine şahit olmuşsunuzdur. Bu durum sinir bozucudur! İşte biz bunu size yaşatmaktan kaçınmaya çalıştık.

Açıklama metinlerinde paket adları kalın harflerle (örn. dplyr) ve fonksiyonları mutate() şeklinde yazılır. Bir fonksiyonun hangi paketten geldiğini, ya en yakındaki metinde referanslayarak ya da kodu dplyr::mutate() şeklinde yazarak size açıklamaya çalıştık. Başta gereksiz görünebilir ancak bunu yukarıda bahsettiğimiz amaç doğrultusunda, bilerek yapıyoruz.

Paketler ve fonksiyonları hakkında daha fazla bilgi edinmek için R basics sayfasına bakabilirsiniz.

Kodlama stili

El kitabında sık sık “yeni satırlar” kullanıyoruz, bu da kodumuzun “uzun” görünmesine neden olabiliyor. Bunun birkaç sebebi var:

  • Kodun her küçük parçasına bitişik # ile açıklayıcı yorumlar yazabiliriz.
  • Genellikle daha uzun (dikey) kodun okunması daha kolaydır.
  • Kodların dar bir ekranda okunması daha kolaydır (ekranı yana kaydırmanıza gerek kalmaz).
  • Girintiler sayesinde hangi argümanların hangi fonksiyona ait olduğunu daha kolay anlayabilirsiniz.

Sonuç olarak, aşağıdaki gibi yazılabilecek kod:

linelist %>% 
  group_by(hospital) %>%  # satırları hastane (hospital) olarak gruplandır
  slice_max(date, n = 1, with_ties = F) # eğer tarih (date) ile eşleşirse ilk satırı al

…şu şekilde yazılır:

linelist %>% 
  group_by(hospital) %>% # satırları hastane (hospital) olarak gruplandır
  slice_max(
    date,                # maksimum tarih değerine grubu sırala
    n = 1,               # gruptaki satırlardan sadece ilkini al 
    with_ties = F)       # eğer tarih (date) ile eşleşirse ilk satırı al

R kodu genel olarak yeni satır veya girintilerden etkilenmez. Kodu yazarken, virgülden sonra yeni bir satır başlatırsanız, program yeni satıra otomatik girinti uygular.

Ayrıca, okunması daha kolay olduğu için kodu yazarken birçok boşluk kullandık (örneğin, ‘n=1’ yerine ‘n = 1’). Siz de kodunuzu yazarken onu okuyabilecek insanları düşünerek yazmalısınız!

Terminoloji

Bu el kitabında, genellikle “değişkenler” ve “gözlemler” yerine “sütunlar” ve “satırlar”a atıfta bulunuyoruz. “Tidy verileri” ile ilgili bu makalede açıklandığı gibi, epidemiyolojik istatistiksel veri setlerinin çoğu yapısal olarak satır, sütun ve değerlerden oluşur.

Değişkenler aynı temel özelliği ölçen değerleri içerir (yaş grubu, çıktı veya başlangıç tarihi gibi). Gözlemler aynı birimde ölçülen tüm değerleri içerir (örneğin bir kişi, alan veya laboratuvar numunesi vb.). Dolayısıyla bu yönleri somut olarak tanımlamak daha zor olabilmektedir.

“Tidy” veri kümelerinde her sütun bir değişken, her satır bir gözlem ve her hücre de tek bir değeri ifade etmektedir. Ancak karşılaştığınız bazı veri kümeleri bu kalıba sığmaz - “geniş” biçimli bir veri kümesinin birkaç sütuna bölünebilen değişkenleri olabilir (Pivoting data sayfasındaki bir örneğe bakın). Benzer şekilde, gözlemler de birkaç satıra bölünebilir.

Bu el kitabı çoğunlukla, verileri yönetmek ve işlemek üzerine odaklanmıştır. O nedenle satır ve sütunlarda somut verilere atıfta bulunmayı, daha soyut olan “gözlem” ve “değişkenler”e tercih ettik. Bu yaklaşımımızın istisnası, daha fazla değişken ve gözlem referansıyla karşılaşacağınız veri analizi sayfalarıdır.

Notlar

El kitabında karşılaşabileceğiniz not türleri şunlardır:

NOT: Bu bir nottur.
İPUCU: Bu bir ipucudur.
DİKKAT: Bu dikkatli yaklaşmanızı tavsiye eden bir nottur.
TEHLİKE: Bu bir uyarıdır.

1.3 Editöryal Kararlar

Aşağıda, paket ve işlev seçimiyle ilgili önemli editoryal kararları sizinle paylaşıyoruz. Bizimle aynı fikirde değilseniz veya değerlendirilmesi için yeni bir araç önermek isterseniz, lütfen Github sayfamıza katılın ve yeni bir sohbet başlatın.

Paket, fonksiyon ve diğer editoryal kararlar tablosu

Konu Değerlendirilenler Çıktı Rasyoneli
Genel kodlama yaklaşımı tidyverse, data.table, base tidyverse, data.table üzerinde bir sayfa ve interneti olmayan okuyucular için base alternatifleri tidyverse okunabilir, evrensel, en çok öğretilen pakettir.
Paket yükleme library(),install.packages(), require(), pacman pacman Çoklu paket indirme/yükleme süreçlerini kısaltır ve basitleştirir.
İçe ve dışa aktarma rio, ve diğer pek çok paketler rio birçok dosya türü için kolaylık sağlar.
İstatistik özetleri için gruplandırma dplyr group_by(), stats aggregate() dplyr group_by() tidyverse vurgusu ile tutarlıdır.
Pivotlama tidyr (pivot fonksiyonları), reshape2 (melt/cast), tidyr (spread/gather) tidyr (pivot fonksiyonları) reshape2 artık kullanımda değil, tidyr v1.0.0 itibariyle pivot fonksiyonlarını kullanmaktadır.
Sütun adlarını temizleme linelist, janitor janitor Paketlerin birleştirilmesi vurgulanmaktadır.
Epiweeks lubridate, aweek, tsibble, zoo genelde lubridate, özel durumlarda diğer paketler lubridate’in esnekliği, tutarlılığı ve paket bakımının sürdürülme olasılığı
ggplot etiketleri labs(), ggtitle()/ylab()/xlab() labs() tüm etiketler tek bir yerde, kullanımı basittir.
Faktöre çevir factor(), forcats forcats çeşitli fonksiyonları da aynı komutta faktöre dönüşür.
Epidemi eğrileri incidence, ggplot2, EpiCurve hızlı seçenek olarak incidence2, ayrıntılı seçenek olarak ggplot2 güvenilirlik
Birleştirme paste(), paste0(), str_glue(), glue() str_glue() stringr paketinin içindedir; yapıştır fonksiyonlarından daha basit bir sentaks (sözdizimi) vardır.

1.4 Büyük güncellemeler

Tarih Açıklama
10 May 2021 Versiyon 1.0.0’ın yayınlanması
20 Kas 2022 Versiyon 1.0.1’in yayınlanması

NEWS Versiyon 1.0.1 ile aşağıdaki değişiklikler uygulanmıştır:

  • R sürüm 4.2’ye güncelleme
  • Veri temizliği: {linelist} yerine {matchmaker} kullanıldı, case_when() örneğinden gereksiz satır kaldırıldı
  • Tarihler: {linelist} guess_date() yerine {parsedate} parse_date() kullanıldı
  • Verilerin pivotlanması: pivot_wider() id_cols= argümanında küçük bir güncelleme
  • Anket analizi: plot_age_pyramid() yerine age_pyramid() kullanıldı, alüvyon grafiği kodunda küçük bir değişiklik
  • Isı grafikleri: agg_weeks kod parçasına ungroup() eklendi
  • İnteraktif grafikler: expand() amaçlandığı gibi çalışsın diye agg_weeks oluşturan kod parçasına ungroup() eklendi
  • Zaman serileri: tüm trending::fit() ve predict() komutlarındaki nesnelerin etrafına data.frame() eklendi
  • Kombinasyon analizi: case_when() yerine ifelse() kullanıldı ve verilerin hazırlanması için isteğe bağlı across() kodu eklendi
  • İletim zincirleri: {epicontacts} paketinin daha yeni bir sürümüne güncelleme

1.5 Teşekkür

Bu el kitabı, Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Médecins Sans Frontières / Sınır Tanımayan Doktorlar (MSF), bölgesel ve ulusal sağlık örgütleri, akademik kurumlar ve hastaneler dahil olmak üzere pek çok kuruluşun deneyimlerinden faydalanılarak dünyanın dört bir yanından epidemiyologların işbirliğiyle hazırlanmıştır.

Bu el kitabı, belirli bir kuruluşun onaylanmış bir ürünü değildir. En doğru bilgiyi sizinle paylaşmak için çabalasak da, bu kitaptaki içerikle ilgili hiçbir garanti veremeyiz.

Katkıda Bulunanlar

Editör: Neale Batra

Yazarlar: Neale Batra, Alex Spina, Paula Blomquist, Finlay Campbell, Henry Laurenson-Schafer, Isaac Florence, Natalie Fischer, Aminata Ndiaye, Liza Coyer, Jonathan Polonsky, Yurie Izawa, Chris Bailey, Daniel Molling, Isha Berry, Emma Buajitti, Mathilde Mousset, Sara Hollis, Wen Lin

Katkıda bulunanlar: Pat Keating, Amrish Baidjoe, Annick Lenglet, Margot Charette, Danielly Xavier, Marie-Amélie Degail Chabrat, Esther Kukielka, Michelle Sloan, Aybüke Koyuncu, Rachel Burke, Kate Kelsey, Berhe Etsay, John Rossow, Mackenzie Zendt, James Wright, Laura Haskins, Flavio Finger, Tim Taylor, Jae Hyoung Tim Lee, Brianna Bradley, Wayne Enanoria, Manual Albela Miranda, Molly Mantus, Pattama Ulrich, Joseph Timothy, Adam Vaughan, Olivia Varsaneux, Lionel Monteiro, Joao Muianga

İllüstrasyonlar: Calder Fong

Çevirmenler: Çağrı Emin Şahin, Abdullah Ömer Şeker, Can Ilgin, Ömer Özer, Yasemin Denizli

Fonlama ve destek

Bu kitap binlerce saat süren gönüllü bir çabanın sonunda ortaya çıktı.

El kitabı, Saha Epidemiyolojisi küresel ağı olan TEPHINET’in COVID-19 acil durum kapasite geliştirme hibesinden destek fonu aldı.

Ayrıca El kitabı Annika Wendland’ın destekleriyle EPIET Mezunlar Ağı’ndan (EAN) idari destek aldı. EPIET, girişimsel epidemiyoloji eğitimi veren bir Avrupa programıdır.

Bu el kitabının geliştirilmesi sırasındaki destekleri için Médecins Sans Frontières (MSF) Amsterdam Operasyon Merkezi’ne (OCA) özellikle teşekkür ederiz.

Bu yayın, NU2GGH001873 numaralı İşbirliği Anlaşması ile Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi tarafından Küresel Sağlık Kurulu’nun bir programı olan TEPHINET aracılığıyla finanse edilmiştir. İçeriğin oluşturulması yalnızca yazarların sorumluluğundadır ve Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi, Sağlık ve İnsan Hizmetleri Departmanı, Küresel Sağlık Kurulu veya TEPHINET’in resmi görüşlerini temsil etmemektedir.

İlham

El kitabı içeriğinin geliştirilmesi için, bilgi amaçlı, çok sayıda öğretici ve kısa hikaye, ilgili sayfalarında paylaşılmıştır.

Daha genel olarak, aşağıdaki kaynaklar bu el kitabı için ilham kaynağı olmuştur: “R4Epis” projesi (MSF ve RECON işbirliği)
R Salgın Konsorsiyumu (RECON)
Veri Bilimi için R kitabı (R4DS)
bookdown: R Markdown ile Kitap ve Teknik Belge Yazma
Netlify (website sunucusu)

1.6 Kullanım ve Katkı Koşulları

Lisans

Creative Commons License Applied Epi Anonim Şirketi, 2021
Bu yayın, Applied Epi Anonim Şirketi tarafından “Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License”ı ile lisanslanmıştır..

Akademik kurslarda ve epidemiyoloji eğitim programlarında bu el kitabı eğitim amaçlı kullanılıp çoğaltılabilir. Böyle bir durum söz konusu olduğunda bize e-posta ile haber vermenizi rica ediyoruz. Kullanım amacınızla ilgili sorularınız varsa contact@appliedepi.org adresine e-posta gönderebilirsiniz.

Alıntı

Batra, Neale, et al. The Epidemiologist R Handbook. 2021. DOI

Katkı

İçerik katkısı yapmak istiyorsanız, lütfen önce Github veya e-posta yoluyla bizimle iletişime geçin. Güncellemeler için bir kapsamlı bir program uyguluyor ve bu amaçla destek rehberi hazırlıyoruz.

Lütfen destek vermeden önce epiRhandbook projesi Davranış Kuralları kılavuzunu inceleyin. Bu projeye katkıda bulunarak, kılavuzda belirlenen şartlara uymayı kabul etmiş olursunuz.

1.7 Oturum bilgisi (R, RStudio, packages)

Aşağıda, bu el Kitabının hazırlanması sırasında kullanılan R, RStudio, R paketleri ve sürümlerine ilişkin bilgiler yer almaktadır.

sessioninfo::session_info()
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value
 version  R version 4.6.0 (2026-04-24)
 os       Ubuntu 26.04 LTS
 system   x86_64, linux-gnu
 ui       X11
 language en_US:en
 collate  en_US.UTF-8
 ctype    en_US.UTF-8
 tz       Etc/UTC
 date     2026-10-06
 pandoc   3.7.0.2 @ /usr/bin/ (via rmarkdown)
 quarto   1.9.38 @ /usr/local/bin/quarto

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 package     * version date (UTC) lib source
 cli           3.6.6   2026-04-09 [1] RSPM
 digest        0.6.39  2025-11-19 [1] RSPM
 evaluate      1.0.5   2025-08-27 [1] RSPM
 fastmap       1.2.0   2024-05-15 [1] RSPM
 htmltools     0.5.9   2025-12-04 [1] RSPM
 htmlwidgets   1.6.4   2023-12-06 [1] RSPM
 jsonlite      2.0.0   2025-03-27 [1] RSPM
 knitr         1.51    2025-12-20 [1] RSPM
 otel          0.2.0   2025-08-29 [1] RSPM
 rlang         1.2.0   2026-04-06 [1] RSPM
 rmarkdown     2.31    2026-03-26 [1] RSPM
 sessioninfo   1.2.4   2026-06-04 [1] RSPM
 xfun          0.59    2026-06-19 [1] RSPM
 yaml          2.3.12  2025-12-10 [1] RSPM

 [1] /opt/R/4.6.0/lib/R/library

──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────